NCRE实行教育部考试中心、各省（自治区、直辖市）承办机构两级管理体制。教育部考试中心负责实施考试，制定有关规章制度，编写考试大纲及相应的辅导材料，命制试卷、答案及评分标准，研制考试必须的计算机软件，开展考试研究和宣传等。教育部考试中心在各省（自治区、直辖市）设立省级承办机构，由省级承办机构负责本省（自治区、直辖市）考试的宣传、推广和实施，根据规定设置考点、组织评卷、分数处理、颁发合格证书等。
　　省级承办机构根据教育部考试中心有关规定在所属地区符合条件的单位设立考点，由考点负责考生的报名、纸笔考试、上机考试、发放成绩通知单、转发合格证书等管理性工作。
　　教育部考试中心还聘请全国著名计算机专家组成“全国计算机等级考试委员会”，负责设计考试方案，审定考试大纲，制定命题原则，指导和监督考试的实施。